Aegna 11-käiguringiga kivilabürint, tuntud ka Jeruusalemma nime all, on saare kultuuripärandi lahutamatu osa. Labürint on läbi aegade olnud mõjuvõimas sümbol, kujutades endast inimkätega tehtud rituaalset pühapaika, maagilist jõukeset ühenduse saamiseks üleloomulike jõududega. Aegna kivilabürindi rajamise aeg ei ole täpselt teada, arvatavasti võib see jääda keskaega või isegi varasemasse aega.

Hävinuks peetud labürint leiti 2009. aastal. 43% ulatuses säilinud labürint on nüüdseks oma algsel kujul taastatud ning see on kujunenud saare üheks külastatavamaks objektiks.